Наблюдение растений в природе, их сбор и составление гербария являются плодотворным и увлекательным способом знакомства с миром растений.  Гербарные листы являются незаменимым демонстрационным пособием на уроках биологии и географии. 

Коллекция гербария Свято-Алексиевской Пустыни насчитывает уже более 5200 тысяч экземпляров образцов.

Самый первый гербарий в коллекции Свято-Алексиевской Пустыни появился еще в 2002 году. Тогда учащиеся Гимназии под руководством Смирновой Валентины Афиногеновны, кандидата биологических наук, старшего научного сотрудника Государственного Биологического музея им. К.А.Тимирязева, собрали гербарий флоры Переславского р-на и Дендрологического  сада им. С.Ф. Харитонова.  

Затем были экспедиции в Краснодарский край, Южный и Средний Урал, Приэльбрусье, Крым и другие регионы России. 

В результате сотрудничества с вузами, Московский Государственный Университет  и  Санкт-Петербургский Государственный Университет передали в нашу коллекцию гербарные образцы своих дублетных фондов.

Очередным этапом развития нашего гербария стало участие  в этом году в гранте Ярославского Университета им. П.Г.Демидова «Организация научно-образовательного гербария на базе Свято-Алексиевской Пустыни», под руководством кандидата биологических наук, старшего научного сотрудника Института биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина РАН — Гарина Эдуарда Витальевича. 

В рамках гранта были закуплены необходимые материалы и оборудование: ватман, крафт, микроскопы и др. 

Учащиеся Гимназии совершили ряд ботанических экскурсий в окрестностях Пустыни, где изучались растительные сообщества леса, луга, водоема, верхового болота, а также сорно-рудеральная растительность. 

В настоящее время завершается монтаж собранного ребятами материала. Идёт работа по созданию базы данных гербария.

В мае 2022 года в Свято-Алексиевской Пустыни открылся новый музей Естествознания им. А.Е.Микулина.  В здании музея гербарию выделили отдельную комнату «Ботанический кабинет», по индивидуальному заказу были изготовлены шкафы для хранения гербария. Теперь, когда количество листов стало больше пяти тысяч, у нас появилась надежда включить наш гербарий в Международную базу данных «The Index Herbariorum», с присвоением акронима (уникальный буквенный код).

А пока мы приглашаем всех желающих посетить наш музей и ознакомиться с нашей замечательной  гербарной коллекцией, а также будем благодарны за пополнение нашего гербария образцами мхов, лишайников и сосудистых растений.