Занимающая целиком этаж нового корпуса гимназии и ряд других помещений (в сумме более 1000 кв.м) библиотека имеет четыре читальных зала разного назначения и является мощным подспорьем в учебном процессе. В учебной и воспитательной работе активно используется медиатека, насчитывающая более 10.000 кассет и дисков.
Библиотека стала формироваться с самого начала существования Пу-стыни. И она давно переросла рамки школьной библиотеки. В настоящее время комплекс библиотечных учреждений Пустыни представлен следующими библиотеками: Фундаментальная Библиотека с численностью фонда более 600 тысяч томов, в т.ч. отдел редкой книги ок. 10 тыс. томов и отдел рукописей – ок. тысячи ед. хр. Отдельно существуют Арткабинет с фондом 9 тыс. томов, Античный кабинет – ок. 10 тыс. томов, Пушкинский кабинет – 2 тыс. томов, Шекспировский Кабинет – 500 томов, Военно-историческая и военно-учебная библиотека – 4 тыс. томов, Картографический кабинет – св. 1.000 ед. хр. В Отделе мемориальных библиотек в настоящее время хранятся такие серьёзные комплексы, как библиотка академика Б.В. Раушенбаха, библиотека академика В.Г. Фесенкова, библиотека профессора Н.А. Чистяковой, а также фрагменты библиотек учёных чл.- корр. АН А.А. Ляпунова, проф. П.В. Флоренского (внука о. Павла Флоренского), проф. Р.В. Кинжалова и др.
Отдельно имеются библиотека учебников и учебных пособий с много-тысячным фондом, нотная библиотека Филаретовского Культурного Центра, Настоятельская Библиотека.
Отдел Рукописей гордится небольшим собранием славянских рукописей XV — XVI веков, латинским рукописями того же времени, неизданными конспектами лекций знаменитых дореволюционных профессоров – богословов и историков Церкви Глубоковского, Бриллиантова, Голубинского, известного философа проф. Введенского, великого механика Жуковского.
Украшением библиотеки является огромный отдел периодики включающий в себя десятки тысяч единиц хранения.
Фундаментальная Научная Библиотека Свято – Алексиевской Пустыни представляет собой несомненную общенациональную культурную ценность, в связи с чем Библиотекой Российской Академии Наук в 2011 году было принято решение о создании электронного каталога книжного фонда этой библиотеки с поэтапной публикацией его на бумажных носителях.
Обителью осуществляется активная издательская деятельность. Мы издаём несколько альманахов, журналов, книги церковного и светского содержания, научные сборники и монографии.
В Научном Архиве Свято – Алексиевсиевской Пустыни (свыше 10 тыс. ед. хр.) хранятся также архивы перечисленных выше учёных и много других материалов. Гордостью Архива являются большая коллекция неизданных рукописей переводчика Брянского, подлинная переписка преподавателя Н.В. Гоголя в Нежинском Лицее Григория Ивановича Кулжинского с отцом Иваном Григорьевичем Кулжинским, официальная штабная рукописная летопись Франко — Австрийской кампании 1770 г. Семилетней войны (трёхтомная рукопись на немецком яз.), письмо Императора Николая II, архив расстрелянного свящ. Анатолия Жураковского, рукописи профессора Киевской Духовной Академии Экземплярского, архив учёного-богослова кон.19-го века свящ. Николая Тычинина и др. материалы.
За год библиотека производит свыше 40.000 книговыдач.
